Un chef
Chauvelin ayant été relevé de son commandement, le ministre se devait de choisir un chef énergique et expérimenté. Par un billet daté du 19 janvier 1769, Choiseul convoque le lieutenant-général Noël Jourda de Vaux. En grand secret, il désire l'entretenir "d'un projet relatif à la Corse", en le priant de donner à son voyage un prétexte quelconque, qui ne fasse pas croire que la Corse en est l'objet.
Si nous croyons le chevalier de Lenchères, la nomination de ce nouveau général fit une très grande sensation, tant sur les troupes que dans le pays. Paoli en prit une nouvelle occasion de chercher à persuader aux peuples les mauvaises intentions de la France à leur égard, puisqu'elle choisissait pour leur faire la guerre le plus cruel des hommes et celui dont la haine particulière contre les Corses était la plus forte et la plus connue. Il leur dit qu'il n'épargnerait ni âge, ni sexe, qu'ainsi le seul espoir de salut qu'il leur restât était dans leur courage et leur résistance.
Une mission
Dès lors qu'il eut accepté un commandement qui n'était pas sans risques, Choiseul fixe le but de l'opération. La mission est claire: En finir rapidement avec la rébellion et soumettre la Nation corse à l'obéissance. Pour atteindre ce but, il fallait se rendre maître au plus vite de la Corse entière, pour la désarmer et la pacifier, par tous les moyens. Je désire bien sincèrement, écrivait Choiseul, que vos opérations aient dans le début le succès qu'elles doivent avoir (...) Quand une fois vous aurez commencé, je vous prie pour le bien en général et pour la " politique " en particulier, de mettre la plus grande activité dans l'expédition. La politique! C’est bien ce qui préoccupait le plus le Premier ministre. Il ne voulait, pas manquer son effet vis-à-vis de l'Europe et principalement de l'Angleterre qui rôdait de plus en plus autour de la Corse.
Des moyens
Fixé sur sa mission, le général de Vaux arrête avec le ministre un plan d'opérations. Il demande les forces nécessaires et suffisantes. Prévoyant, Choiseul, et avant même qu’il n'eut désigné le commandant en chef, déjà prescrit, dès le 14 janvier, à l'intendant Chardon, de procéder à l'organisation matérielle de l'armée de Corse: Vous voilà instruit, monsieur, du nombre de troupes qui vont se trouver en Corse pendant la campagne prochaine et devez le Considérer sur le pied de vingt quatre mille hommes au complet. Vous sentez que le nombre d'officiers et d’individus en général qui seront à la suite de ce corps sera considérable et qu’il doit fixer toute votre attention pour que vivres de toute espèce ne manquent pas, surtout en farines blanches et en viande.
Le général de Vaux se rend à Toulon et surveille lui-même les opérations d'embarquement de quinze nouveaux bataillons d'infanterie, de nouveaux cavaliers, de compagnies du génie et surtout d'une artillerie formidable.
Parmi les moyens, le général de Vaux ne dédaigna pas l'arme psychologique.
A peine débarqué en corse, de Vaux convoque tous les généraux et officiers d'état-major. Après les avoir longuement regardés, il leur tient ce langage d'une voix difficile et laconique: Messieurs, le Roi m’a chargé de vous dire qu'il est mécontent de son armée dont plusieurs de ses officiers ont eu la lâcheté de signer des capitulations. Je défends qu'à l'avenir aucun officier en détachement se serve de plume et de papier. Le roi a singulièrement désapprouvé la suspension d’armes ; c’est une tâche imprimée sur nos drapeaux, j’espère que nous parviendrons à la laver.
Quelques jours plus tard, les habitants de l'île sont avisés, par ordre du roi, de la conduite qu'il compte tenir à leur égard pour arriver à la pacification. Tout acte d'hostilité dont se rendront coupables des habitants non " soutenus extérieurement par un corps de gens armés" amènera l'incendie des villages, le ravage des biens, l'emprisonnement puis la déportation en France. Seront réputés brigands et comme tels envoyés aux galères, les habitants qui, armés, n'ayant pas fait leur soumission seront pris seuls ou en petit nombre sans être porteurs d'un ordre écrit de leurs commandants et éloignés du corps de leurs habitants.
Toute soumission, au contraire, permettra de participer aux grâces que Sa Majesté est disposée d'accorder à tous ceux qui le méritent par une soumission volontaire.
Intentions du commandement
Arrivé à Saint Florent, le 9 avril au matin, après une traversée des plus mauvaises, le commandant cri chef compte entreprendre les opérations sans tarder. Il procède immédiatement au remaniement du dispositif que Marbeuf avait mis en place lorsqu'il assurait l'intérim. Il installe ce que nous appellerions des "bases opérationnelles" où seront ordonnés des établissements "et dirigés les approvisionnements". A Ajaccio, pour huit bataillons, à Calvi pour deux et à Bastia pour vingt huit bataillons.
Choiseul avait fait tenir à de Vaux le mémoire rédigé par Dumouriez, qui occupait alors les fonctions d'aide maréchal-général des logis en corse, ce qui correspondrait aux fonctions de souschef d'Etat-major. Ce mémoire de quinze pages, dénote une connaissance exacte de la Corse. Le plan d'opérations suggéré ne différait pas sensiblement de celui adopté par de Vaux. Pour l'un comme pour l'autre, Corte est bien l'objectif principal à atteindre, pour être considéré comme la métropole de la rébellion et le sortit central de l'île où il faut arriver... le plus court de tous les rayons qui y aboutissent partant de la circonférence et celui qui offre en même temps le moins d'obstacles part du point d'Aléria. De Vaux sait par expérience que ce n'est point en bataillant sur le littoral qu'on peut espérer soumettre l'île; aussi estime-t-il que la réunion des troupes dans la partie de Bastia et du Nebbio laisse quatre directions principales pour arriver sur le centre :
1 ère direction : Déborder par l'ouest, la Caccia, et arriver par Ponte Leccia.
2 ème direction : Descendre par le littoral, Aleria, et remonter vers Corte.
3 ème direction : Déboucher sur la Casinca et, par Campile, foncer vers l'ouest.
4 ème direction : Forcer le passage du Golo à Ponte Novo.
Forces en présence
Du côté français :
Fin avril, au moment d'entrer en campagne, le général de Vaux disposait de 19 régiments d'infanterie, soit 38 bataillons, 10 compagnies du Corps Royal d'artillerie, équivalent à la moitié de l'artillerie de toute l'armée française. A ces unités venaient s'ajouter 2 légions et les compagnies du génie. Soit un total de 22 000 hommes, auxquels il faut ajouter un certain nombre de volontaires corses. Les régiments d'infanterie étaient composés de un à deux bataillons, exceptionnellement de quatre, comme le régiment de la marine. Le fantassin était armé d'un fusil à baïonnette d'un pistolet et d'un couteau de chasse.
La légion comprenait 17 compagnies à effectifs, renforcés, soit 1 compagnie de fusiliers, 8 compagnies de dragons, de 596 fantassins et 212 cavaliers. Le dragon était armé de deux pistolets, un mousqueton et un sabre.
L'artillerie était, depuis 1765, équipée de canons Gribeauval. En corse furent employés les calibres de 12, 8 et 4, encore que les deux premiers fussent limités à un exemplaire chacun. Le calibre correspondait au poids du projectile estimé en livres. L’artillerie lourde de 24 et de 16 n’intervint jamais. Le gros de l'artillerie qui opéra en Corse était composée de canons "à la Rostaing" du nom de son inventeur. Ce système d'artillerie de montagne fut utilisé pour la première fois, en Corse. Equipée d'affût-traîneaux, elle était portée à dos de mulets. Le grand inconvénient de cette artillerie, encore au stade de l'expérimentation, a consisté dans la difficulté d'avoir des mulets dressés et des muletiers suffisamment adroits à cet emploi. Le génie était équipé d'un matériel de pont sur chevalets.
On a beaucoup parlé des volontaires corses. Leur nombre a été singulièrement grossi. On a été jusqu'à avancer le nombre de 5 000. Leur rôle dans la dernière phase de la bataille de Ponte Novo a été considérablement majoré. D'après un pointage méticuleux des journaux de marche des Armées du Roi, il en a été relevé exactement 1 080, dont 600 à Ajaccio. Ces derniers avaient été recrutés principalement parmi les Grecs de Paomia. La confusion avec les volontaires de l'armée est flagrante. De Vaux tira un certain nombre de volontaires des compagnies de chasseurs et des régiments. Sous le nom de Volontaires de l’armée, il forma un corps d'environ 1 000 hommes, divisé en trois bataillons et placé aux ordres de Viomesnil. Sa mission était comparable à celle des commandos ou unités de choc des armées actuelles.
Du côté corse :
Depuis la mobilisation générale décrétée par la consulte tenue au couvent de Casinca, le 15 avril, les Corses, toutes forces confondues, disposaient de 20 000 hommes en armes. Composées essentiellement de fantassins, elles bénéficiaient du concours de deux compagnies de Prussiens, déserteurs de l’armée française. Leur armement de base était composé de fusils anglais. Plus longs que les fusils français, ils offraient un certain avantage lors des charges à la baïonnette. L'artillerie se limitait à quelques pièces capturées à Borgo et qui ne servirent pratiquement pas. Malgré des offres allemandes, Pascal Paoli ne voulut pas de cavalerie.